Podczas wojny z wioską Konoha stracił rodziców, co wywarło ogromny wpływ na chłopca. Wraz z innymi sierotami, Konan i Yahiko, postanowił nauczyć się technik ninja. Ich nauczycielem został Jiraiya. Trening trwał trzy lata. W tym czasie uaktywnił się jego kekkei genkai Rinnegan (oczy Samsary). Poznaliśmy tylko efekty jego mocy: zmasakrowane ciało jednego ninja z Iwagakure. Za młodu Pain był bardzo płaczliwym i nieśmiałym dzieckiem. Czuł się zagubiony, aż do rozmowy z sensei Jiraiyą, który mówił mu o dorastaniu. Po jego odejściu, wieści o dzieciach przestały dochodzić do niego i uznał iż nie żyją.

Oryginalnie Pein był długowłosym brunetem z zasłoniętymi przez grzywkę oczyma. Teraz posiada maszynę z sześcioma ciałami, przez którą może transferować swój umysł. Każde z ciał ma inne zadanie oraz odpowiada każdemu z sześciu Światów w Buddyzmie. Pierwsze ciało (Deva), które pierwotnie należało do Yahiko służy do kontaktowania się z innymi członkami organizacji oraz potrafi kontrolować pogodę. Ciało z długim kucykiem (Świat Zwierząt) zostało użyte podczas walki. Podczas walki z Jiraiyą zostało wykorzystane do przyzwania licznych zwierząt oraz pozostałych ciał. Grube (Preta) potrafi pochłaniać ataki przeciwników. Chude z długimi włosami (Świat Ludzi) jest adeptem Taijutsu, oraz potrafi czytać w myślach ludzi i wyrywać duszę z ciała. Łyse z kolczykami na czubku głowy (Asura) potrafi wystrzeliwać rakiety z rąk oraz ma działko w głowie. Stare (Naraka) potrafi pozostałe ciała przywracać do życia. Kiedy Jiraiya pozornie pokonał trzy ciała Peina, pojawiły się trzy następne i ożywiły je oraz pozbawiły Sannina lewej ręki. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki zostały ukazane, jako "Sześć Ścieżek Peina". Imię Pein jest wspólne dla wszystkich sześciu ciał. Ostatkiem sił Jiraiya zabił ciało z długim końskim ogonem i odkrył że wszystkie te ciała spotkał niegdyś, gdy jeszcze były normalnymi osobami. Pozostałe ciała dopadły go, gdy próbował uciekać i zabiły go. Jednak tuż przed śmiercią, umieścił na jednej z ropuch, zaszyfrowaną wiadomość, która oznaczała "Prawdziwy nie jest pośród nich", co sugeruje że te ciała są sterowane przez Nagato, który jest w ukrytym miejscu. Chwilę później pojawił się Zetsu, który stwierdził że gdyby Jiraiya odkrył sekret Peina, to on byłby zwycięzcą. Później spotyka się z Madarą, żeby ustalić plan ataku na Wioskę Ukrytego Liścia. W międzyczasie przedstawił swoje nowe ciało odpowiadające Światu Zwierząt, które jest młodą dziewczyną. W tym czasie w Wiosce Liścia odbyło się badanie ciała odpowiadającego Światu Zwierząt. Wszystkie ciała Lidera Akatsuki łączą trzy elementy:

* Rude włosy,
* Liczne kolczyki w różnych częściach ciała będące odbiornikami Chakry,
* Oczy Rinnegan.

Inicjuje i nadzoruje technikę pieczętującą Dziewięciu Pieczęci Widmowego Smoka (Fuujin no Jutsu: Genryuu Kyuufuujin). Pein potrafi użyć techniki Zmiany Postaci (Shōten no Jutsu), poświęcając ludzi i tworząc z nich idealne kopie innych członków Akatsuki, łącznie z ich unikalną bronią i technikami. Siła klona zależy od ilości danej mu czakry (za pierwszym razem było jej 30%). Z członkami organizacji Lider potrafi się kontaktować za pomocą telepatii. Jego twarz po raz pierwszy ukazana zostaje w rozdziale 363. Po śmierci Deidary swoją funkcję w organizacji przekazuje Tobiemu, który wyznacza mu schwytanie Naruto, nie chcąc kolejnych niepowodzeń.

Ludzie z Wioski Deszczu uwielbiają i boją się Peina, mimo iż nawet nie wiedzą czy istnieje. Na jego wzór noszą przekreślone opaski. Jedyne co wiedzą, to to, że jakiś czas temu zabił prawowitego przywódcę tej wioski, Hanzou, lecz aby się upewnić, że nikt nie wystąpi przeciwko niemu, zabił też jego rodzinę i przyjaciół (jest to jego serce ostrzy, którego ludzie boją się najbardziej). Ponieważ wszyscy uważają go za boga, sam zaczął się tak nazywać.

Plan Peina polega na zgromadzeniu wszystkich ogonowych bestii i stworzeniu ostatecznego zakazanego jutsu, za pomocą którego może niszczyć kraje. Będzie je sprzedawał innym, co spowoduje ogromne zniszczenie. Zabije setki tysięcy, a reszta będzie się bać. To ma zakończyć wszystkie wojny i pomóc światu "dorosnąć" (Pein uważa, iż ból pomógł mu stać się dorosłym oraz bogiem). Będzie to jego sąd boży.

Wkrótce wszystkie ciała Peina wraz z Konan wyruszyły do Kraju Ognia i znienacka atakują Konohę. Ciało Królestwa Bogów zostaje zatrzymane przez Hatake Kakashiego, kiedy chce zabić Irukę. Chwilę później dołącza się do walki ciało - Półbóg, w trakcie której przyjmuje postać demona Asury. Na głowie pojawiają mu się trzy dodatkowe twarze, oraz cztery ręce i ogon z ostrymi krawędziami. Pein - Bóg za pomocą mocy przyciągania sprawił że Kakashi nadział się na ogon Półboga. Jednak w rzeczywistości był to klon z wyładowania elektrycznego. Chwilę później wydaje się, że Asura Pein zostaje pokonany